新港區漁會源於1933年（昭和8年）的「新港漁業組合」，1935年（昭和10年）隸屬「台東廳水產會」，為半官方的機構。1938年（昭和13年）改組為「新港漁業協同組合」，1944年（昭和19年），日本頒布「水產業團體法」，再改組為「新港郡漁業會」。 戰後，1946年（民國35年）改稱「新港水產合作社」，1948年改組為「新港漁業生產合作社」，1950年再改組為「新港漁會」，1955年，與全台各級漁會同步改稱，正式易名為「新港區漁會」，目前有甲類會員3600人。 目前漁港建設附屬設施有漁市場及製冰廠、漁船上架場、加油站等，漁船停泊面積計7.75公頓水深2.5至3.5公尺，碼頭總長1980公尺，可供176艘漁船及375艘漁筏停泊及外縣市80艘150噸以下之漁船避風，為本省東南部最具規模之漁港，業務方面另設有信用部，配合政府政策，提供漁民低率之融資貸款，經營體質良好。