本會在民國六十五年四月奉令，將麥寮、台西、四湖、口湖等四個區漁會合併，於同年六月一日正式成立雲林區漁會。原麥寮、台西、口湖區漁會改為辦事處，在民國八十七年十月十六日增加成立三條崙辦事處。雲林區漁會設總幹事秉承理事會決議執行任務。在總幹事之下置會務課、推廣課、供銷課、會計課、信用部、保險部、魚市場及口湖、台西、麥寮、三條崙等四個辦事處。各組織單位均以服務漁民為目的。