民國16年3月，新竹郡舊港庄地區漁民176人，組成舊港庄漁業組合，辦理組合員漁業獎勵漁業公用設施事項，會址設在新竹郡舊港庄舊港庄役場內。
民國22年10月，新竹市、新竹郡六家庄、竹東郡竹東街、及藝庄、橫山庄一帶養殖及漁撈業漁民393人，成立頭前溪漁業組合，以辦理淡水魚族養殖、共同販賣為主，會址設在竹東。
民國25年7月，原舊港庄漁業組合區及紅毛庄、香山庄一帶，共同成立保證責任「新竹郡漁業組合」，組合員482人，出資總額2680日圓，會址設在新竹市東門町3-62。民33年依據「水產業團體法」改組，成立新竹市漁業會。
民國35年政府接收新竹市漁業會，依照「漁會法」及「合作社法」成立新竹市漁會，並將經濟部門畫出為新竹漁業生產合作社（現新竹魚市場前身），民國40年3月配合全省行政區域調整，漁會與漁業生產合作社合併，將新竹市區、竹東區及全省行政區域調整，漁會與漁業生產合作社合併，將新竹市、竹東區及新竹縣區三個漁會合併成立新竹縣漁會。
民國44年依「台灣省各級漁會改進辦法」規定，分別成立南寮、香山、紅竹三區漁會。民國50年政府為強化漁會組織功能，改進財務結構，乃將南寮、香山、紅竹三區漁會合併成新竹區漁會，隸屬新竹縣。民國71年新竹市升格為省轄市，由於會址在新竹市，故新竹區漁會改隸新竹市主管。
新竹區漁會會址原設於新竹市南寮漁港拍賣場2樓，民國80年新竹漁港與建完成，漁會乃遷至新漁港拍賣場２樓，同時在香山、新豐及竹北設立辦事處，並且成立信用部及漁產品直銷中心，負責辦理漁業業務及服務。
目前，新竹漁港之發展方向定位於觀光、休閒兩大部份，並在保有當地傳統漁業特色與維護生態資源永續利用之前題下，積極建設並美化港區環境，導入『觀光休閒漁業』之概念，使新竹漁港發展成觀光、遊憩、休閒、娛樂、教育、文化等多功能用途的漁港。