本會以保障漁民權益，提高漁民知識、技能，增加漁民生產收益，改善漁民生活，促進漁業現代化，並謀其發展為宗旨。自民國前二年成立迄今九十年於茲，期間改組遞嬗如下：
民前二年成立澎湖水產會。
民國十三年改組為高雄州水產會澎湖郡支部。
民國十七年改制為澎湖廳水產會。
民國三十三年合併為水產會與各鄉鎮之漁會組合為水產業會。
民國三十四年台灣光復後將技術指導部門改組為澎湖縣漁會，經濟部門改組為漁業生產合作社。
民國三十九年合併為澎湖縣漁會。
民國四十四年各級漁會改進七月合併六鄉鎮漁會改組為澎湖縣馬公區漁會，同年十月奉准更名為澎湖區漁會正式成立 。