民國四年八月台南七股地區漁業販製冰業者，成立「佳里漁業者信用販賣購買利用組合」。民國十四年九月，台南州北門庄蚵寮、渡字頭字雙春、溪底寮字三寮灣等地區漁民，依據民國十三年台灣總督府所公布之漁業組合會，成立「王爺港漁業組合」，會址設在北門庄北門蚵寮 421番地。 民國十五年十二月，北門郡將軍在大字山子腳字馬沙溝及大字口寮字青鯤鯓地區漁民，也成立「青山港漁業組合」，會址在將軍庄山子腳1135。 民國二十年王爺漁港組合改制為漁業協同組合，「佳里漁業販賣者組合」改為「七股信用販賣組合」，民國三十三年，依水產業團體法，各漁業協同組合均改為漁業會。 光復後漁會改組，台南縣內設北門、將軍、七股等鄉漁會，民國四十四年各級漁改進，本縣漁會合併為北門區漁會，會址設於佳里鎮新生路24號。 民國四十七年十一月又將北門區漁會劃分成立將軍區漁會、七股區漁會及北門區漁會。民國六十年將軍區漁會分劃為青山港及將軍港兩區漁會。 民國六十五年四月，公布「台灣省區漁會合併方案」，台南縣之北門、青山港、將軍港及七股四個區漁會合併組織成一個南縣區漁會，會所設置於佳里，並於原各區漁會所在地設立辦事處，服務漁民。