本會轄屬漁區(縣市合併前原台南市行政區)面積1,756平方公里，人口75萬人，海岸線北自曾文溪，南至二仁溪，全長22公里，潮間帶廣闊，具備養殖事業開發之良好條件。 沿岸海域多為淺灘，銜接澎湖漁場與大陸棚，形成台西至東港一帶水域之中心漁場。本會位於台南市西區中正路379號，轄內之安平港為本省主要漁港，西北鄰近澎湖，南靠茄萣、梓官、永安及高雄港，北接七股、青鯤鯓、馬沙溝、布袋，海岸線綿長，由於鄰近台灣海峽，漁場遼闊，具有近海漁業之良好天然條件，陸上養殖魚塭面積遼闊，養殖種類涵蓋虱目魚、高經濟價值魚蝦類及淡水魚類等。